Gemäß dem Auftrag Christi (Joh 17,21) hat das Zweite Vatikanische Konzil im Dekret „Unitatis Redintegratio“ die Wiederherstellung der Einheit aller Christen unwiderruflich zu einer der wichtigsten Aufgaben der katholischen Kirche, sowohl der Hirten wie auch aller Gläubigen erklärt. Denn „eine solche Spaltung widerspricht ganz offensichtlich dem Willen Christi, sie ist ein Ärgernis für die Welt und ein Schaden für die heilige Sache der Verkündigung des Evangeliums vor allen Geschöpfen“.
Auf dieser Grundlage ist es Aufgabe der Abteilung Ökumene, die Gemeinschaft unter den Christen verschiedener Konfessionen und Riten zu pflegen und zu vertiefen. Sie berät den Bischof, die Einrichtungen des Ordinariates und der Diözese, ökumenische Initiativen sowie Einzelpersonen in ökumenischen Fragen, fördert die Rezeption theologischer Gespräche, bereitet ökumenische Ereignisse und Begegnungen auf Bistumsebene inhaltlich und organisatorisch vor. Die Abteilung Ökumene vertritt die Diözese im Auftrag des Bischofs auch in der Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen in Baden-Württemberg (ACK)